Ключовата разлика между затъмнението и латентния период е, че периодът на затъмнение е времето на синтезиране на фагови протеини и нуклеинови киселини вътре в клетката гостоприемник, докато латентният период е времето между инжектирането на вирусния геном в клетката и лизиса на клетката гостоприемник.
Бактериофагът (фаг) е облигатна вътреклетъчна вирусна частица, която заразява и се разпространява в рамките на определена бактерия. Те също са известни като ядящи бактерии, тъй като действат като бактерицидни агенти. Сложната форма на главата и опашката е най-често срещаната форма, показана от бактериофагите. Те заразяват бактериите гостоприемници, за да се размножат. В началото на инфекцията те се прикрепват плътно към клетъчната стена на бактерията, използвайки техните повърхностни рецептори и инжектират генетичния си материал в клетката гостоприемник. Тогава тяхното заразяване може да се случи чрез два цикъла: литичен и лизогенен цикъл.
В литичния цикъл бактериофагите заразяват бактериите и бързо убиват бактериалната клетка гостоприемник чрез лизис. В лизогенния цикъл вирусният генетичен материал се интегрира с бактериален геном или плазмиди и съществува в клетката гостоприемник в продължение на много поколения, без да убива бактерията гостоприемник. Процесът на заразяване следва различни периоди като латентен период, период на затъмнение, период на нарастване и т.н.
